Eine Zürcher Aktiengesellschaft betreibt im Jura ein Pilotprojekt zur Tiefengeothermie. Ziel ist es, die technische Machbarkeit zu erkunden und dereinst ein Kraftwerk zu errichten, das Strom produzieren soll. Dafür erhielt das Unternehmen vom Bund sogenannte Geothermie-Erkundungsbeiträge – staatliche Zahlungen aus einem Fonds, der durch einen Zuschlag auf die Stromnetztarife gespeist wird. Die Beiträge wurden auf maximal rund 90 Millionen Franken festgesetzt.
Bei einer Mehrwertsteuerkontrolle kürzte die Eidgenössische Steuerverwaltung (ESTV) den Vorsteuerabzug des Unternehmens. Beim Vorsteuerabzug können Firmen die Mehrwertsteuer, die sie selbst auf Einkäufen bezahlt haben, von ihrer Steuerschuld abziehen. Wer jedoch Subventionen erhält, darf diesen Abzug nur anteilsmässig geltend machen. Das Unternehmen wehrte sich gegen diese Kürzung und argumentierte, die Erkundungsbeiträge seien keine Subventionen, sondern sogenannte Kostenausgleichszahlungen – eine andere Kategorie staatlicher Zahlungen, die keine Kürzung des Steuerabzugs nach sich zieht.
Das Bundesgericht folgte dieser Argumentation nicht. Es stellte fest, dass das Projekt noch in einem sehr frühen Stadium stecke: Es gehe nicht darum, Strom zu produzieren oder in den Markt einzusteigen, sondern lediglich darum, abzuklären, ob ein Kraftwerk überhaupt gebaut werden könnte. Kostenausgleichszahlungen sollen hingegen Unternehmen unterstützen, die bereits am Markt tätig sind und entsprechende Leistungen anbieten. Da das Unternehmen noch keinen Strom produziert und die Machbarkeit erst erkundet wird, passen die Beiträge nicht in diese Kategorie. Hinzu kommt, dass im Subventionsvertrag selbst ausdrücklich von einer Subvention die Rede ist – eine Einschätzung, der sich das Unternehmen bei Vertragsunterzeichnung offenbar selbst angeschlossen hatte.
Die Richter bestätigten damit die Kürzung des Vorsteuerabzugs um rund 81'000 Franken. Das Unternehmen muss zudem die Gerichtskosten von 5'000 Franken tragen.